Účinek této terapie spočívá v ovlivňování tkání lidského těla na buněčné úrovni. Přirozeně jsou základními stavebními prvky našeho organizmu buňky ohraničené plazmatickou membránou, kde vně i uvnitř neustále probíhají biochemické reakce. Aplikace pulzního magnetického pole vede k aktivaci metabolismu buněk, tím dochází ke zvýšenému prokrvení tkáně současně se zvýšeným přísunem kyslíku a živin, také k lepšímu odvádění zplodin během látkové výměny. Zjednodušeně lze říci, že magnetoterapie stimuluje buňky, a tím podporuje aktivaci jejich vlastních regeneračních schopností a procesů.